| LeibnizDeutsche Forschungsanstalt für Lebensmittelchemie | Freising | 1918 | |
| LeibnizDeutsches Museum | München | 1903 | |
| FraunhoferFraunhofer-Institut für Angewandte und Integrierte SicherheitFraunhofer AISEC | Garching bei München | 2009 | |
| FraunhoferFraunhofer-Institut für Elektronische Mikrosysteme und Festkörper-TechnologienFraunhofer EMFT | München | 1974 | |
| FraunhoferFraunhofer-Institut für Integrierte SchaltungenFraunhofer IIS | Erlangen | 1985 | |
| FraunhoferFraunhofer-Institut für Integrierte Systeme und BauelementetechnologieFraunhofer IISB | Erlangen | 1985 | |
| FraunhoferFraunhofer-Institut für Kognitive Systeme IKSFraunhofer IKS | München | 1999 | |
| FraunhoferFraunhofer-Institut für SilicatforschungFraunhofer ISC | Würzburg | — | |
| FraunhoferFraunhofer-Institut für Verfahrenstechnik und VerpackungFraunhofer IVV | Freising | 1941 | |
 LeibnizGermanisches Nationalmuseum | Nürnberg | 1852 | |
| Max PlanckHalbleiterlabor der Max-Planck-Gesellschaft | München | — | |
| HelmholtzHelmholtz Alliance Imaging and Curing Environmental Metabolic Diseases | Garching bei München | — | |
 HelmholtzHelmholtz-Zentrum München | Oberschleißheim | 1964 | |
 LeibnizIfo Institut für Wirtschaftsforschung | München | 1949 | |
| LeibnizLeibniz-Institut für Bildungsverläufe | Bamberg | 2014 | |
| LeibnizLeibniz-Institut für Ost- und Südosteuropaforschung | Regensburg | 2012 | |
| Max PlanckMax Planck Computing and Data Facility | Garching bei München | 1960 | |
| Max PlanckMax Planck Digital LibraryMPDL | München | — | |
| Max PlanckMax-Planck-Institut für AstrophysikMPA | Garching bei München | 1991 | |
| Max PlanckMax-Planck-Institut für Biochemie | Planegg | 1973 | 3 |
| Max PlanckMax-Planck-Institut für die Physik des Lichts | Erlangen | 2009 | |
| Max PlanckMax-Planck-Institut für extraterrestrische Physik | Garching bei München | 1963 | 1 |
| Max PlanckMax-Planck-Institut für Ornithologie | Pöcking | 2004 | |
| Max PlanckMax-Planck-Institut für PhysikMPP | München | 1917 | 1 |
| HelmholtzMax PlanckMax-Planck-Institut für PlasmaphysikIPP | Garching bei München | 1960 | |
| Max PlanckMax-Planck-Institut für Psychiatrie | München | 1917 | |
| Max PlanckMax-Planck-Institut für Quantenoptik | Garching bei München | 1981 | 2 |
| Max PlanckMax-Planck-Institut für Sozialrecht und Sozialpolitik | München | 1980 | |
| Max PlanckMax-Planck-Institut für Steuerrecht und Öffentliche Finanzen | München | 2011 | |
| Max PlanckMunich-Centre for Advanced Photonics | Garching bei München | 2006 | 1 |
| Hochschulnahe EinrichtungAfrica Multiple: Afrikastudien neu gestalten | Bayreuth | 2019 | |
| ForschungsinstitutAllianz Zentrum für TechnikAZT | Ismaning | — | |
 DenkfabrikBauhaus Luftfahrt | Taufkirchen | 2005 | |
| LandeseinrichtungBayerische Landesanstalt für Wald und Forstwirtschaft | Freilassing | 1881 | |
| ForschungsinstitutBayerische Staatssammlung für Paläontologie und Geologie | München | 2000 | |
 Akademie-InstitutBayerisches Forschungsinstitut für Digitale Transformationbidt | München | 2018 | |
| LandeseinrichtungBayerisches Landesamt für Umwelt | Augsburg | 2005 | |
 Gemeinnütziges InstitutBayerisches Zentrum für Angewandte Energieforschung | Würzburg | 1991 | |
| ForschungsinstitutCafé Luitpold | München | — | |
| ForschungsinstitutCenter for Integrated Protein Science Munich | München | 2006 | |
| ForschungsinstitutCenter for NanoScience | München | 1998 | |
| DenkfabrikCentrum für angewandte Politikforschung | München | 1995 | |
| Gemeinnütziges InstitutCollegium Carolinum | München | 1956 | |
| ForschungsinstitutDeutsches NotarinstitutDNotI | Würzburg | 1993 | |
| ForschungsinstitutDeutsches Zentrum für Diabetesforschung | Oberschleißheim | — | |
| ForschungsinstitutDoerner Institut | München | 1937 | |
 ForschungsinstitutEnergie Campus Nürnberg | Nürnberg | — | |
 ForschungsanlageEuropäische Südsternwarte | Garching bei München | 1962 | |
| Akademie-InstitutEvangelische Akademie Tutzing | Tutzing | 1947 | |
| ForschungsanlageForschungs-Neutronenquelle Heinz Maier-Leibnitz | Garching bei München | — | |
| Gemeinnütziges InstitutForschungsinstitut Betriebliche Bildung | Nürnberg | 2003 | |
| Hochschulnahe EinrichtungForschungsinstitut für MusiktheaterFIMT | Thurnau | 1976 | |
| ForschungsanlageForschungsreaktor MünchenFRM | Garching bei München | — | |
 Gemeinnütziges InstitutForschungsstelle für Energiewirtschaft | München | — | |
 Akademie-InstitutGeorg-von-Vollmar-Akademie | Kochel am See | 1948 | |
 ForschungsinstitutGeorge C. Marshall Europäisches Zentrum für SicherheitsstudienGCMC | Garmisch-Partenkirchen | 1993 | |
| Gemeinnütziges InstitutGreifenberger Institut für Musikinstrumentenkunde gGmbH | Greifenberg | — | |
 ForschungsinstitutHelmholtz-Institut Erlangen-Nürnberg für Erneuerbare EnergienHI ERN | Erlangen | 2013 | |
| ForschungsinstitutHelmholtz-Institut für RNA-basierte Infektionsforschung | Würzburg | 2017 | |
| ForschungsinstitutIFT Institut für Therapieforschung | München | 1973 | |
 ForschungsinstitutInstitut für Arbeitsmarkt- und BerufsforschungIAB | Nürnberg | 1967 | |
| ForschungsinstitutInstitut für Bienenkunde und Imkerei | Veitshöchheim | 1907 | |
 ForschungsinstitutInstitut für Informationssysteme (Hochschule Hof) | Hof | 2010 | |
| BundeseinrichtungInstitut für Mikrobiologie der BundeswehrInstMikroBioBw | München | 1984 | |
| BundeseinrichtungInstitut für Pharmakologie und Toxikologie der BundeswehrInstPharmToxBw | München | — | |
| ForschungsinstitutInstitut für Politische Wissenschaft Erlangen | Erlangen | 1961 | |
| BundeseinrichtungInstitut für Radiobiologie der BundeswehrInstRadBioBw | München | — | |
| Gemeinnütziges InstitutISF München | München | 1965 | |
| DenkfabrikKartoffelkombinat – der Verein e. V. | München | 2016 | |
| ForschungsinstitutKommission für Alte Geschichte und Epigraphik | München | 1951 | |
| ForschungsinstitutMax-Planck-Institut für biologische IntelligenzMPI-BI | Planegg | 2023 | |
| ForschungsinstitutMax-Planck-Institut für Innovation und Wettbewerb | München | 1952 | |
| ForschungsinstitutMax von Pettenkofer-Institut | München | — | |
| Gemeinnütziges InstitutMedizinische Enzym- Forschungs-Gesellschaft e.V. | Grassau | — | |
| ForschungsinstitutMonumenta Germaniae HistoricaMGH | München | 1819 | |
| Hochschulnahe EinrichtungMunich Center for Mathematical PhilosophyMCMP | München | — | |
 Gemeinnütziges InstitutNürnberg Institut für Marktentscheidungen | Nürnberg | 1934 | |
| ForschungsinstitutOrff-Zentrum München Staatsinstitut für Forschung und Dokumentation | München | — | |
| ForschungsinstitutOstkirchliches Institut Regensburg | Regensburg | 1962 | |
| Gemeinnütziges InstitutParmenides Foundation | Pöcking | 2000 | |
 An-InstitutRachel Carson Center for Environment and Society | München | 2009 | |
| DenkfabrikRepublik21 | München | 2021 | |
 DenkfabrikRoman-Herzog-Institut | München | 2002 | |
| ForschungsinstitutRudolf-Virchow-Zentrum | Würzburg | 2002 | |
| ForschungsinstitutSpeinshart Scientific Center for AI and SuperTech | Speinshart | — | |
| Gemeinnütziges InstitutSylvia Lawry Centre for MS Research e.V. | München | 2001 | |
| ForschungsinstitutTechnologie- und Förderzentrum (Bayern) | Straubing | 2002 | |
| ForschungsinstitutTUM Institute for Advanced Study | Garching bei München | — | |
| Hochschulnahe EinrichtungTUM School of Life SciencesWZW | Freising | 2000 | |
| Hochschulnahe EinrichtungWalter Schottky Institut | Garching bei München | 1986 | |
| ForschungsinstitutWalther-Meißner-Institut für TieftemperaturforschungWMI | Garching bei München | — | |
| ForschungsinstitutZoologische Staatssammlung München | München | 1807 | |
 Weitere HochschuleAkademie der Bildenden Künste München | München | 1808 | |
 Weitere HochschuleAkademie der Bildenden Künste Nürnberg | Nürnberg | 1662 | |
 Theologische HochschuleAugustana-Hochschule Neuendettelsau | Neuendettelsau | 1947 | |
| Weitere HochschuleBayerische Archivschule | München | 1821 | |
| Kunst- und MusikhochschuleBayerische Theaterakademie August Everding | München | 1993 | |
| Weitere HochschuleCampus Burghausen | Burghausen | 2016 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenFachhochschule Macromedia | München | 2006 | |
 UniversitätFriedrich-Alexander-Universität Erlangen-NürnbergFAU | Nürnberg | 1961 | 4 |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenGeorg-Simon-Ohm-Hochschule für angewandte Wissenschaften – Fachhochschule Nürnberg | Nürnberg | 1971 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenHochschule der Bayerischen Wirtschaft | München | 2012 | |
 Verwaltungs- und PolizeihochschuleHochschule für Allgemeine Innere Verwaltung Hof | Hof | 1983 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenHochschule für angewandte Wissenschaften Ansbach | Ansbach | 1996 | |
| Hochschule für angewandte WissenschaftenHochschule für angewandte Wissenschaften Coburg | Coburg | 1971 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenHochschule für Angewandte Wissenschaften Hof | Hof | 1994 | |
| Hochschule für angewandte WissenschaftenHochschule für angewandte Wissenschaften Kempten | Kempten | 1977 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenHochschule für angewandte Wissenschaften Landshut | Landshut | 1978 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenHochschule für angewandte Wissenschaften MünchenHM | München | 1971 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenHochschule für angewandte Wissenschaften Neu-Ulm | Neu-Ulm | 1994 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenHochschule für angewandte Wissenschaften Weihenstephan-TriesdorfHSWT | Freising | 1971 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenHochschule für angewandtes ManagementHAM | Ismaning | 2004 | |
| Verwaltungs- und PolizeihochschuleHochschule für den öffentlichen Dienst in BayernHföD | München | 1974 | |
 Kunst- und MusikhochschuleHochschule für evangelische Kirchenmusik Bayreuth | Bayreuth | 1921 | |
| Kunst- und MusikhochschuleHochschule für Fernsehen und Film München | München | 1966 | |
 Kunst- und MusikhochschuleHochschule für Katholische Kirchenmusik und Musikpädagogik Regensburg | Regensburg | 2001 | |
| Kunst- und MusikhochschuleHochschule für Musik NürnbergHfM Nürnberg | Nürnberg | 1998 | |
 Kunst- und MusikhochschuleHochschule für Musik und Theater MünchenHMTM | München | 1846 | |
 Kunst- und MusikhochschuleHochschule für Musik WürzburgHfM Würzburg | Würzburg | 1973 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenHochschule für Philosophie München | München | 1925 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenHochschule für Politik München | München | 1950 | |
| Weitere HochschuleInstitut für deutsche Kultur und Geschichte Südosteuropas an der LMU München | München | — | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenInternationale Hochschule SDI München | München | 2006 | |
 UniversitätJulius-Maximilians-Universität WürzburgJMU | Würzburg | 1402 | 12 |
| Hochschule für angewandte WissenschaftenKatholische Stiftungshochschule München | München | 1909 | |
 UniversitätKatholische Universität Eichstätt-Ingolstadt | Eichstätt | 1980 | |
| Kunst- und MusikhochschuleKönigliche Kunstgewerbeschule MünchenKGS | München | 1868 | |
| Weitere HochschuleLehrerbildungsanstalt Pasing | München | 1910 | |
| Weitere HochschuleLeibniz-Gymnasium Altdorf | Altdorf bei Nürnberg | 1961 | |
 UniversitätLudwig-Maximilians-Universität MünchenLMU | München | 1472 | 42 |
| Weitere HochschuleMax-Josef-Stift | München | 1813 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenOstbayerische Technische Hochschule Amberg-Weiden | Amberg | 1994 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenOstbayerische Technische Hochschule Regensburg | Regensburg | 1971 | |
| UniversitätOtto-Friedrich-Universität Bamberg | Bamberg | 1647 | |
| Theologische HochschulePhilosophisch-Theologische Hochschule Benediktbeuern | Benediktbeuern | 1931 | |
| Weitere HochschuleRichard-Strauss-Konservatorium München | München | 1927 | |
 UniversitätSRH University Campus Fürth | Fürth | 2012 | |
| Hochschule für angewandte WissenschaftenTechnische Hochschule Aschaffenburg | Aschaffenburg | 1995 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenTechnische Hochschule Augsburg | Augsburg | 1971 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenTechnische Hochschule Deggendorf | Deggendorf | 1994 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenTechnische Hochschule IngolstadtTHI | Ingolstadt | 1994 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenTechnische Hochschule Rosenheim | Rosenheim | 1971 | |
 Hochschule für angewandte WissenschaftenTechnische Hochschule Würzburg-Schweinfurt | Würzburg | 1971 | |
 Technische UniversitätTechnische Universität MünchenTUM | München | 1868 | 17 |
| Technische UniversitätTechnische Universität NürnbergUTN | Nürnberg | 2021 | |
| UniversitätUkrainische Freie Universität München | München | 1921 | |
 UniversitätUniversität Augsburg | Augsburg | 1970 | |
 UniversitätUniversität Bayreuth | Bayreuth | 1975 | |
| UniversitätUniversität der Bundeswehr MünchenUniBw M | Neubiberg | 1973 | |
| UniversitätUniversität Passau | Passau | 1973 | |
 UniversitätUniversität Regensburg | Regensburg | 1962 | 1 |
| Hochschule für angewandte WissenschaftenWilhelm Löhe Hochschule für angewandte Wissenschaften | Fürth | 2012 | |